26 - 29 серпня 2003 року за участю спеціалістів УЦМЗР, лабораторій Державної екологічної інспекції, Державних управлінь екоресурсів в Херсонській та Миколаївській областях було проведено експедицію по вивченню якості води естуарію Дніпра. До участі в експедиції також було запрошено представника посольства США в Україні. Дана експедиція вже третя експедиція в цьому році, що проводяться в рамках проекту міжнародної технічної допомоги Агентства охорони навколишнього середовища США (EPA), "Оцінка та поліпшення якості води в естуарії Дніпра - 2 фаза", зареєстрованого Міністерством економіки та з питань європейської інтеграції України.

Дослідження якості води проводилися у двох місцях: у частини пониззя естуарію та Бугського лиману поблизу Чорного моря, та у верхів'ї естуарію, гирлі Дніпра та до греблі Каховської ГЕС. Проби, відібрані у процесі проведення експедиції, обробляються у лабораторіях Державної екологічної інспекції, Державному управлінні екоресурсів в Херсонській та Миколаївській областях.

Попередні дані дослідження якості води показали тенденцію до збільшення концентрації забруднюючих речовин в естуарії у порівнянні з даними попередньої експедиції, яка проводилася у липні 2003 року. Одним із індикаторів цього процесу стало цвітіння синьо-зелених водоростей. Результати експедиції будуть передані до Держаного управління екології та природних ресурсів в Херсонській та Миколаївській областях для прийняття заходів щодо покращення екологічної ситуації в естуарії Дніпра.

Лабораторіями Державних управлінь екоресурсів в Херсонській та Миколаївській областях проводиться постійний моніторинг за якістю води у р. Південний Буг в районі м. Миколаєва та р. Дніпро в районі Нової Каховки. Ведуться спостереження за скидом стічних вод з очисних споруд міст Миколаїв та Херсон. Лабораторією Державного управління екоресурсів в Херсонській області організовано постійний моніторинг за хлорофілом "а" в верхів'ях естуарію Дніпра.